深夜3時くらいにESの提出するの悪印象ですか？

悪くないと思います。

締め切りギリギリは印象良く無いですが、時間に関しては特に問題ないかと思います。

〆切前であれば印象が悪くなる事は無いと思いますが、記録は残るので可能であれば保存しといて朝〜夕方に出した方が良いかもですね！でも、私も深夜1時に適性検査を出したけど通ったところもあるのでそこまで気にしなくて良いと思いますよ！