質問の意図を聞き返すことはしてもいいですか？

全く構いませんよ。むしろ質問の意図が読み取れていないというのは立派なマイナスポイントになります。私はその理由で以前一社落ちたことがありました。

「すみません、もう一度伺ってもよろしいですか？」って聞くだけです。

面接本番は緊張もするし考えも飛びます。分からなかったら分からないって答えてもいいと思いますよ。